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Im Jahre 1204 wurde der Ort als "Werovendingeroth" wahrscheinlich als Tochtersiedlung des Dorfes "Witzungen" erstmals erwähnt. In einer Urkunde von 1209, in welcher der Erzbischof Siegfried II. von Mainz die Stiftung des Klosters Reifenstein durch den Grafen Ernst von Tonna bestätigt, erscheint der Name "Wincigeroth" - Wintzingerode.
In dieser Zeit haben wohl die Stammväter des späteren Grafengeschlechtes „von Wintzingerode“ hier ihren Wohnsitz gehabt. In der Urkunde wird eine Edelfreier Bertold de Wincingeroth als Zeuge genannt.

In der fränkischen Siedlungsperiode angelegt, nutzten die Gründer sowohl die günstige Lage zu den wichtigen Wasserläufen und Quellen als auch die günstige Lage im Schutz der Ausläufer des Ohmgebirges und der oberhalb des Dorfes befindlichen Burg.

Der Kern des Dorfes entstand um den Anger, in dessen Nähe sich 1387 ein befestigter Kirchhof befand; die erste schriftliche Erwähnung einer Kirche stammt von 1389. Bewegte Zeiten erlebte Wintzingerode (Wenzingerod, Wissingerod) im 16. Jahrhundert. Die Bevölkerung nahm wie ihre Herrschaft den evangelischen Glauben an.
Entsprechend der Festlegungen im Augsburger Religionsfrieden von 1555 blieb diese Änderung der Religionszugehörigekeit auch nach der Gegenreformation auf dem Eichsfeld erhalten.

Um 1530 wurde Wintzingerode als eine wüste Dorfstätte bezeichnet. Erst nach dieser Zeit erfolgte die Wiederbesiedelung des Dorfes. Begünstigt wurde der Wiederaufbau durch einen Vergleich der Bauern aus fünf Dörfern mit Junker Hans von Wintzingerode im Jahre 1580.
Während der Herrschaftszeit des Heinrich von Wintzingerode wurde 1633 eine Freischule für die Kinder der Lehspflichtigen eingerichtet.

Neben der Kirche und der Gruft derer von Wintzingerode finden sich einige denkmalgeschützte Bauten im Ort.

Wichtige Persönlichkeiten:
Barthold VI. von Wintzingerode (gest, 1326), Protonotar und Generalvikar des Erzbistums Mainz;
Barthold XI. von Wintzingerode (1505-1575);
Georg Ernst Levin Reichsgraf von Wintzingerode-Bodenstein (1778-1857);
Reichsgräfin Gisela von Wintzingerode-Bodenstein (1886-1972)